De Protestantse Gemeente Haarlem is eigenaar van de kerk. Echter, de gemeente Haarlem is eigenaar van de kerktoren, het carillon en het Christian Müller-orgel.
De Wijkgemeente Haarlem-Centrum houdt haar diensten ’s zomers in de Grote Kerk en ’s winters in de Nieuwe Kerk.
De Vereniging Vrienden van de Grote of St.-Bavokerk te Haarlem is organisatorisch onafhankelijk van de gemeente Haarlem en van de Protestantse Gemeente. De vereniging ziet de Grote Kerk als belangrijk cultuurhistorisch erfgoed. Zij streeft er onder meer naar het kerkgebouw en haar inventaris te behouden.